Program Studi Pengkajian Seni Pertunjukan dan Seni Rupa berdiri pada tahun 1991. Program studi ini merupakan program studi magister seni tertua di Indonesia. Kemunculan program studi ini disebabkan oleh kebutuhan zaman, di mana sarjanawan/wati perlu untuk melanjutkan pendidikan pada jenjang yang lebih tinggi. Hal ini menjadi penting karena tuntutan Kementerian Pendidikan kepada tenaga pengajar kampus. Namun, dari catatan sejarah, hingga tahun 1984, tidak ada magister dan doktoral seni di Indonesia. Alhasil tenaga pengajar kampus harus menempuh pendidikan lanjut di luar negeri. Sementara itu, keadaan tersebut cukup sulit dijangkau oleh mayoritas tenaga pengajar di kampus seni. Maka membuat kampus dengan jenjang magister di Indonesia sangat diperlukan ketika itu.
Alih-alih dibuat di kampus seni tanah air, program studi tersebut justru dibuat di salah satu universitas di Yogyakarta. Atas dasar pembicaraan dengan Direktur Jenderal Pendidikan Tinggi (DIKTI), Prof. Dr. Soekardji Ranuwiharjo, program studi yang direncanakan dapat diselenggarakan di Universitas Gadjah Mada (UGM). Hal ini dilakukan karena kebutuhan keilmuan dan pengajar yang mumpuni untuk perkembangan seni ke depan. Namun program studi tersebut dititipkan di Jurusan Sejarah, Fakultas Sastra dan Kebudayaan, UGM. Hal yang menarik, inisiatif ini tidak merujuk pada jurusan tertentu, semisal tari, musik, teater, dan lain sebagainya, melainkan meleburkan disiplin tersebut menjadi pengkajian seni pertunjukan.
Pada tahun 1986, inisiatif ini berjalan dengan baik. Dari tahun ke tahun, jumlah mahasiswa bertambah. Asal mahasiswa tidak hanya lagi dari pendidikan tinggi seni di Yogyakarta, tetapi dari ASKI Padang Panjang dan UPI Bandung. Bahkan pada tahun ketiga, jumlah mahasiswa mencapai 100 orang dengan 80 orang lain yang ditolak. Bahkan pada tahun keempat, jumlah mahasiswa terdaftar berjumlah 200 orang. Singkat kata, antusiasme terhadap inisiatif ini sangat besar. Antusiasme dan kebutuhan ini membuat program studi berdiri sendiri pada tahun 1991. Dengan nama Pengkajian Seni Pertunjukan dan Seni Rupa (PSPSR), program ini resmi berdiri sejak diterbitkannya Keputusan Direktur Jenderal Pendidikan Tinggi Departemen Pendidikan dan Kebudayaan Republik Indonesia No. 07/ Dikti/Kep./1991. Sementara itu, pada tahun 1995 turut ditambah minat utama seni rupa. Ditambahnya seni rupa, membuat kelas dibagi menjadi dua, kelas Yogyakarta dan kelas Jakarta. Di kelas Jakarta, para mahasiswa berasal dari Univ. Tarumanegara, Univ. Trisakti, dan Institut Kesenian Jakarta. Namun kelas Jakarta hanya berlangsung beberapa tahun, dan seluruh penyelenggaraan belajar mengajar dilakukan di Yogyakarta. Pada tahun 2006, program studi dipindahkan ke Sekolah Pascasarjana atas surat keputusan rektor: No.89/P/SK/HT/2006. Sejak saat itu, Program Studi Pengkajian Seni Pertunjukan dan Seni Rupa bernaung di Sekolah Pascasarjana UGM. Kepindahan ini turut memengaruhi sifat multi dan interdisipliner kepada skema kajian dan penelitian pada program studi tersebut.
Prof. Dr. R.M. Soedarsono memimpin program studi PSPSR sejak 1991 hingga 2003. Pasca kepemimpinan Prof. Soedarsono, Prof. Dr. Timbul Haryono, M.Sc. selaku kepala program studi memimpin dari tahun 2004 hingga 2012. Pada masa kepemimpinan Prof. Dr. Timbul Haryono, M.Sc., nafas dan semangat program studi masih serupa dengan kaprodi pendahulunya. Pada tahun 2013, kepemimpinan prodi dilanjutkan oleh Dr. G.R. Lono Lastoro Simatupang, M.A. selaku kepala program studi dan Dr. Rr. Paramitha Dyah F., M.Hum. selaku sekretaris program studi. Pada masa kepemimpinan Dr. G.R. Lono Lastoro Simatupang, M.A., arts and beyond menjadi paradigma berpikir guna mengejawantahkan daya dari seni. Pelbagai mata kuliah baru bermunculan, mulai dari seni dan gender, seni dan politik, seni dan pariwisata, hingga performance theories.
Terhitung sudah lebih dari dua puluh lima tahun Universitas Gadjah Mada memelopori dan secara konsisten mengampu pendidikan pascasarjana dalam bidang kajian seni. Sebagai program studi pascasarjana kajian seni pertama di Indonesia, Program Studi Prodi PSPSR UGM hingga kini telah meluluskan lebih dari 600 orang alumnus dan alumnia pada jenjang Strata Dua (S2) maupun Strata Tiga (S3). Alumni tersebut berasal dari perguruan tinggi di berbagai wilayah Indonesia dengan berbagai bidang seni yang ditekuni, serta dari berbagai latar belakang kesukuan yang berbeda-beda.